„A Benes-dekrétumok, tehát államunk világháború utáni berendezésének a megkérdőjelezését az elnökjelölt, és egyben a Cseh Köztársaság külügyminisztere részéről elfogadhatatlannak és megbocsáthatatlannak tartom” – szögezte le Klaus a hivatalos honlapján pénteken megjelent írásában. A cseh államfő ebben egy állítólagos levélre válaszol, amelynek írója a választási kampány miatt bírálta, s azt állította, hogy Klaus a felelős a kampány eldurvulásáért. A hivatalából három hét múlva véglegesen távozó államfő a bírálatot visszautasította.
„A választási kampány kiélezéséhez semmiképp sem járultam hozzá. A választási kampány kiélezéséhez a legyőzött jelölt járult hozzá, aki maga hozta fel az úgynevezett Benes-dekrétumok témáját. Ezekről olyan módon beszélt, hogy azt köztársasági elnökként nem hagyhattam szó nélkül” – állítja Klaus. A cseh elnökválasztás második fordulójába Milos Zeman volt miniszterelnök és Karel Schwarzenberg külügyminiszter jutott, akik a voksolás előtt több tévévitában vettek részt.
Schwarzenberg riporteri kérdésre válaszolva az első tévévitában azt mondta, hogy a szudétanémetek kitelepítése a második világháború után Csehszlovákiából mai szemmel nézve az emberi jogok megsértésének minősülne, És Edvard Benes, akkori csehszlovák államfő emiatt ma a nemzetközi törvényszék elé kerülne. Zeman azt mondta, ő ezzel nem egészen ért egyet. Ezt követően a szudétanémetek kitelepítése és Benes elnök személye a választási kampány egyik legfőbb témájává vált. Klaus élesen bírálta Schwarzenberget, és nyíltan Zeman támogatására szólított fel. Politológusok szerint a dekrétumok témájának is jelentős szerepe volt abban, hogy Zeman megnyerte a második fordulót, és ő lesz Klaus utódja a prágai Hradzsinban.