Hiába bukott meg a Tanácsköztársaság, Trianon után Csekonics hatalmas birtokai a Szerb-Horvát-Szlovén Királysághoz kerültek. A földeket távolabb élő szerbek között osztották szét, mivel a környékbeli gazdák kijelentették, hogy ilyen módon nem tartanak igényt rájuk. Csekonics Endre később beperelte a jugoszláv államot az elrabolt földek miatt,
de haláláig nem ért véget az eljárás.
A Magyar Vöröskereszt Egyletnek újra ő lett az elnöke, ám 1923-ban a megromlott egészségi állapota miatt lemondott a posztjáról. 1927-ben tüdőgyulladást kapott és napokon belül elhunyt a 82 éves, földjei nagy részétől megfosztott gróf. Kívánságának megfelelően a korábban elhunyt feleségével együtt Zsombolyán, az elvett birtokon álló családi kriptában temették el.
A végrendeletéből kiderült, hogy még így is százmillió pengős vagyona volt, Enyingen birtoka, Tokajban komoly szőlője. Mindent a családjára hagyott. Így távozott az élők sorából a jótékony gróf, aki hiába adakozott rengeteget, a történelem megkeserítette az életét.