1945 januárjában, miután a Vörös Hadsereg elfoglalta a főváros pesti oldalát, Arany jelentkezett a Skót Misszió épületében oltalmat talált Tildy Zoltánnál, hogy szerepet vállaljon a kisgazdapártban. A párt központi szervezésével bízták meg, feladatait 1946 nyaráig látta el. 1945 őszén
Arany munkája is közrejátszott a kisgazdák 57 százalékos választási sikerében,
ennek ellenére a párt koalíciós kormányzásra kényszerült. Arany a Magyar Testvéri Közösségből és az MFM-ből ismert társaival közösen egyfajta „agytrösztöt” hozott létre, hogy a vezető kisgazda politikusok munkáját támogassák. Arra készültek, hogy a párizsi békeszerződés aláírása után a szovjet csapatok kivonulnak Magyarországról, és önálló kisgazda kormány alakulhat. Erre az időre szerették volna kiválogatni azokat az alkalmas embereket, akik az államigazgatásban és a fegyveres testületekben vezető szerephez juthattak volna a kommunistákkal szemben. Úgy ítélték meg, hogy Magyarországon mindezt szabadon megtehetik. Tévedtek.
1946 decemberében kezdődött meg az a letartóztatási hullám, amelynek során a Magyar Közösség-ügyben több száz embert vettek őrizetbe a kommunisták. Letartóztatása után Arany egyik vallatója a később népszerű íróvá avanzsált Berkesi András volt, míg fő kihallgatója Kardos György, aki a Kádár-korszakban két és fél évtizeden keresztül a Magvető Kiadó élén állt. A pszichikai gyötrés, kínzás, alvásmegvonás és verések a kihallgatások állandó kísérői voltak. A bántalmazások miatt Arany a jobb fülére megsüketült. A vád „bizonyítására” társaihoz hasonlóan őt is hamis tanúvallomási jegyzőkönyvek aláírására kényszerítették, ennek ellenére gyakran tiltakozott, és a hatalom szempontjából bosszantóan kitartónak bizonyult.