A büntetés-végrehajtás létesítményeinél a CPT mindenekelőtt a túlzsúfoltságot jelöli meg megoldandó problémaként. A megkérdezett fogva tartottak többsége nem panaszkodott a börtön személyzetére, sőt, a szegedi Csillagbörtön foglyai kifejezetten pozitívan nyilatkoztak egyes fogva tartóikról. Kaposváron és Sopronkőhidán viszont volt aki fizikai bántalmazásra panaszkodott. Előbbi börtönben az őrök állítólag apróbb szabálysértéseket toroltak meg pofonokkal és ütésekkel, utóbbi létesítményben megütötték és megrúgták a rabokat, szerintük jelentős részben elsősorban roma származásuk miatt.
A kormány válaszában arra hívja fel a figyelmet, hogy a börtönök személyzete mindig eleget tett törvényes kötelezettségének, és jelentette az ilyen eseteket a nyomozó hatóságoknak, a panaszok száma az elmúlt évekhez képest csökkent, a büntetés-végrehajtás vezetése pedig mindent megtesz, hogy a börtönszemélyzet törvényesen és az etikai szabályokat betartva tegye a dolgát.
A küldöttség súlyos kételyeinek ad hangot azzal kapcsolatban, hogy a magyar hatóságokat hatékonyan vizsgálják-e ki a bántalmazás miatt tett panaszokat, miután Sopronkőhidán rendszeresek az ilyenek, de egyetlen vádemelés sem történt, a nyomozások pedig eredménytelenül zárulnak, vagy azért, mert nincs bizonyíték, vagy azért, mert az elkövetőt nem sikerül pontosan azonosítani. „A CPT azt javasolja, hogy a magyar hatóságok alapvetően vizsgálják felül a panaszok kivizsgálásának rendszerét, hogy az hatékonyabbá váljon” – áll a jelentésben.