Williams annak idején kijelentette: az általa betöltött tisztség legrosszabb aspektusa az az érzés, hogy bizonyos konfliktusok „csak nem akarnak oldódni ... bármilyen keményen is küzd velük az ember”.
Hozzátette: azt is érzi, hogy az anglikán világunión belül „nem mindenki törekszik lelkesen a szakadás vagy a szétválás elkerülésére”.
A szakadással leginkább fenyegető – egyben Canterbury és Róma között is ütközési pontnak számító – ügy a homoszexuális papok szolgálatának engedélyezése körüli vita. Williams érsek és az anglikán unió észak-amerikai irányzataként elismert episzkopális egyház nem zárkózik el ez elől, más, konzervatívabb tagegyházak azonban mereven elutasítják a homoszexuálisok papi hivatásának lehetővé tételét.
Rowan Williams a homoszexualitás kérdésében általánosságban is megengedő nézeteket vall. Többször hangoztatott hivatalos álláspontja szerint a homoszexuális kapcsolatban élő, de egymáshoz hű embereket a kereszténység befogadhatja.
A másik súlyos feszültségforrást jelentő vita az anglikán unión belül – egyben az angol és a katolikus egyház között is – a nők püspöki tisztségbe emeléséről folyik. Williams következetesen támogatja az ezt lehetővé tévő reformokat is, ezt a törekvést azonban az anglikán egyház tradicionalista vonulatának képviselői ugyancsak elvetik.