A gyors és modern hadviselés eredményeként még karácsony előtt sikerült megdönteni a tálib kormányzatot, az iszlamista vezetők egy része azonban a pakisztáni határhoz közeli területekre menekült, és egy évvel később újraszervezte a mudzsáhidok felkelését a megszállókkal szemben. Ellentmondásos módon többek közt amerikai fegyverekkel, hiszen
az iszlamista felkelőket a nyolcvanas években részben a CIA fegyverezte fel, illetve pénzelte
a szovjet katonai megszállás elleni küzdelmükben – most éppen a nyugati alakulatok ellen fordultak ezek a fegyverek.
Az ENSZ Biztonsági Tanácsa eközben jóváhagyta, hogy az afgán béke és biztonság garantálását egy békefenntartó misszió, a Nemzetközi Biztonsági Közreműködő Erő (ISAF) lássa el, amelynek vezetését 2003 után a NATO vette át. Az évek során a kontingens hatvanötezressé nőtt, negyvenkét ország katonái működtek együtt, Magyarország is fontos szerepet kapott. Ettől az évtől az amerikai hadviselés súlypontja egy időre áttevődött Irakba, az afgán fronton az Al-Káida és a tálib erők ellen főleg már az átmeneti kabuli kormány pastu és tádzsik származású harcosai küzdöttek nyolcezer fős amerikai katonai segítséggel.
2006-ban fellángolt az iszlamista felkelés, Barack Obama amerikai elnök pedig 2009-ben újabb harcoló alakulatokat volt kénytelen Afganisztánba küldeni. A nemzetközi segélyek áramlása mellett az Egyesült Államok fokozatosan átadta a parancsnoki feladatokat a NATO-nak, majd később az afgán hadseregnek. 2011-ben egy amerikai akció végzett Oszáma bin Ládennel, ami lélektani fordulatot jelentett a háború menetében. Obama 2014-ben a 2016-os kivonulás tervét jelentette be, utódja, Donald Trump azonban a hatalmi vákuum veszélyére hivatkozva már csak céldátum nélküli csapatkivonásról beszélt. A folyamat 2020 februárjában ért véget: az amerikai kormányzat és a tálibok a 2019 óta zajló puhatolózó tárgyalások eredményeképpen megállapodást kötöttek. A fundamentalisták azt ígérték, hogy nem tűrnek meg többé Afganisztánban dzsihádista terrorcsoportokat, és azok nem fognak nyugati célpontok elleni támadásokat irányítani, Washington pedig azt, hogy 2021 nyarára minden katonáját kivonja az országból. Joe Biden elnök ezt a dátumot 2021. szeptember 11-ében határozta meg.