Mivel Kijev az orosz ortodox egyház bölcsője, Oroszország hallani sem akart arról, hogy Ukrajna autokefáliát kapjon.
1990-ben létrehozták az Ukrán Ortodox Egyház-moszkvai patriarchátusát. Ezzel az ukránok lehetőséget kaptak arra, hogy önálló egyházuk legyen, amelyet ők maguk irányítanak a moszkvai patriarchátus fennhatósága alatt. Ugyanakkor továbbra sem rendelkezett saját külpolitikával, a szertartásokon pedig továbbra is meg kell említeniük a moszkvai pátriárkát, mint az egyház fejét.
2018-ig ez volt az egyetlen hivatalosan is elismert ortodox egyház Ukrajna területén, azonban a ’90-es évek elején két másik, függetlenedni kívánó ortodox irányzat is felütötte a fejét.
1992-ben létrejött a magát Ukrajnai Ortodox Egyház – kijevi patriarchátusának nevező intézmény, amelyet Filaret pátriárka vezetett, az orosz ortodox egyház egykori érseke, aki 1990-ben szeretett volna moszkvai pátriárka lenni, de végül nem őt választották.
Ezt az egyházat a többi ortodox egyház nem ismerte el, mégis ez lett az ország második legnagyobb egyháza.