1879-ben egy ország ismerte meg a nevét,
amikor a nagy szegedi árvíz után jelentős pénzösszeggel támogatta a károsultakat,
sőt, ötezer szőregi menekültet látott ideiglenesen vendégül a zsombolyai birtokán. Később Szőregen népkonyhát állított fel, ahol naponta hatszáz ember ingyen étkezhetett. 1882-ben a tiroli árvízkárosultak javára is pénzt adományozott, egy évvel később pedig harminc szegény csángó családnak adott házat és munkát a birtokain.
Csekonics Endre kétlaki életét élt. Részben Zsombolyán, részben Pesten tartózkodott, a család Kecskeméti utcai palotájában. Itt rendszeresen estélyt adott, ahol nem egyszer tette tiszteletét Mária Valéria főhercegnő és Ferenc Ferdinánd trónörökös. Csekonics Endre, mint az egyik leggazdagabb arisztokrata, Ferenc József osztrák császárral és a magyar királlyal is kiváló viszonyt ápolt, utóbbinak idővel a titkos tanácsosa és főasztalnoka lett. Az sem véletlen, hogy a jótékonyságáról híres Csekonicsot kérték fel a Magyar Vöröskereszt Egylet elnökének 1891-ben.
Csekonics Endre sokat tett azért, hogy a szervezet székháza méltó helyre, a budai Várba, a Dísz térre kerüljön.