Apja Jankovics Marcell (1906–1970) banktisztviselő, anyja Bartha Margit (1906–1981?), nagyapja Jankovich Marcell (1874–1949) író, politikus, ügyvéd volt. Nővére Jankovics Eszter (1934). Felesége Rubovszky Éva (1945) finnugrista. Apjukat 1950-ben koholt vádak alapján letartóztatták, és életfogytiglani kényszermunkára ítélték. '56-ban kiszabadították; a forradalom leverése után felügyelettel szabadlábon maradhatott. Közben családját 1951-ben kitelepítették, ahonnan csak 1953-ban térhettek vissza. A gyermek Marcell 1955-től a Pannonhalmi Bencés Gimnáziumba járt, ott is érettségizett.
1959–60-ban segédmunkásként dolgozott, majd a Pannónia Filmvállalathoz (ma Pannóniafilm Kft.) került, ahol fázisrajzolóként kezdett. 1965-ben rendezőnek nevezték ki, majd három évig, 1968-ig Dargay Attilával és Nepp Józseffel közösen készítették a nagy sikerű Gusztáv című rajzfilmsorozatot. 1971–72-ben a Kisképzőben tanított animációt. 1973-ban a Hanna-Barbera megvásárolta a János vitéz című rajzfilmje amerikai forgalmazási jogát, ám azt eddig nem mutatták be Amerikában.[1] A Sisyphus c. munkáját 1974-ben Oscar-díjra jelölték.
Küzdők c. alkotásával 1977-ben elnyerte a cannes-i fesztivál legjobb rövidfilmnek járó Arany Pálma-díját. Az akkori kultúrpolitika jellemző epizódjaként Jankovics helyett mást küldtek ki a díj átvételére. 1981-től pedig az Iparművészeti Főiskolán tanít szintén animációt. Két évvel később elkészült Az ember tragédiájának animációs film forgatókönyve.