1993 nyarán megint arról szóltak az újságok szalagcímei, hogy rábukkantak a meleggénre. Az amerikai Nemzeti Rákkutató Intézet munkatársa, Dean Hamer kutatócsoportja bejelentette: összefüggés van a homoszexualitás és az X-kromoszóma felépítése közt. A bejelentés azonban elhamarkodott volt, s mint kiderült, módszertanilag aggályos volt a kutatás. Hamerék 2005-ben is folytattak hasonló vizsgálatokat Azonban nem sikerült statisztikailag szignifikáns kapcsolatot találniuk a DNS-szerkezetek és a homoszexualitás között. Az amúgy meleg Hamer egyébként maga is hangsúlyozta, hogy ha van is genetikai tényező, ettől még nem lesznek az emberek homoszexuálisok, mivel a személyiség biológiája ennél sokkal összetettebb.
William Byne és Bruce Parsons, a melegjogokat egyébként támogató kutatók 135 vonatkozó publikációt vizsgáltak át 1993-ban, s megállapításuk szerint sem a pusztán biológiai, sem a pusztán pszichológiai magyarázatra nincs megfelelő bizonyíték. Szerintük a kilencvenes évek elejének biológiai okok iránt való érdeklődése inkább a pszichológiai magyarázatokkal való elégedetlenségnek volt köszönhető.
Martin Dannecker, a Frankfurti Egyetem Szexuáltudományi Intézetének professzora, a melegmozgalom egyik fő alakja egy 2000-es publikációjában, amelyben a német kormány felkérésére foglalt állást a kortárs gén-, agy-, hormon- és ikerkutatásokra vonatkozóan, beismerte: min den addigi kísérlet, ami biológiai magyarázatot akart adni a homoszexualitásra, kudarcot vallott: „Minden olyan múltbéli kísérlet, amely arra irányult, hogy a homoszexualitást biológiai magyarázattal támassza alá, kudarcot vallott. Mostanában is több jelentős kutatás irányult arra, hogy bebizonyítsa: a saját nem felé forduló kizárólagos szexuális és erotikus érdeklődés biológiailag meghatározott késztetés... Ezek pszichoendokrinológiai és genetikai, agy-, valamint egy- és többpetéjű ikreken végzett kutatások (...), melyek mindeddig nem vezettek megbízható és konzisztens eredményekhez. (…) A biológiai irányultságú homoszexualitás-kutatás immanens kritikája azonban kiegészítésre szorul. Ez a kutatás, melynek az a célja, hogy a szexuális irányultságot primer biológiai jelenségként állítsa be, a szexuális irányultság teljesen redukcionista felfogásán alapul. (…) A szexuális irányultság azonban olyan rendkívül összetett dolog, melyet csak akkor lehet megfelelőképpen megérteni, ha biológiai, fejlődéslélektani, interperszonális szempontból, az élettörténet tapasztalatain alapulóként és szociális konstrukcióként fogják fel.”
S. Marc Breedlove, a kaliforniai Berkeley Egyetem pszichológia tanszékének munkatársa 2012-ben úgy nyilatkozott: habár szerinte részint van biológiai oka is a homoszexualitásnak, nem találtak még homoszexualitást okozó gént, emellett pedig ahogy a gének, a szexuális viselkedés is okozhat változásokat az agyban.
Richard Pillard, a nagy visszhangot kiváltó, 1991-es ikervizsgálatokról ismert professzor, aki az egyik első, homoszexualitását nyíltan vállaló tudós volt, egy 2010-es interjúban elismerte: „Igazán nehéz bármilyen végleges állásfoglalással előállni a helyzetet illetően. Szerintem valamennyi genetikai hatás eléggé valószínűnek tűnik, de ezen túl mit mondhatnánk? A válasz: nem sok mindent.”