Hernádi ellen az USKOK már egyszer – 2012 decemberében – megszüntette a nyomozást, majd miután Horvátország csatlakozott az Európai Unióhoz, újraindította. Az újonnan indult vizsgálat során az ügyészség Hernádi Zsolt vizsgálati fogságát is elrendelte, de Magyarország elutasította kiadatását.
A horvát hatóságok 2013-ban adtak ki ellene körözést azután, hogy a magyar üzletember állításuk szerint nem jelent meg Zágrábban egy tárgyaláson, majd Horvátország kérésére 2013. október 2-án neve felkerült az Interpol körözési listájára. A vörös körözés a legmagasabb riasztás, amely arra szólítja fel a szervezet tagjait, hogy helyezzék előzetes letartóztatásba a keresett személyt abból a célból, hogy később kiadják annak az államnak, amely a körözést kezdeményezte. Az Interpol gyakorlatilag nem tud kiadni nemzetközi letartóztatási parancsot a szó legszorosabb értelmében, ehhez nincs jogköre, ám a vörös riasztás hasonló erővel bír.
A horvát legfelsőbb bíróság ezután megerősítette a megyei bíróságnak azt a júniusi döntését, amely szerint az ügy bírósági tárgyalását Hernádi Zsolt távollétében is le lehet folytatni. A Mol Nyrt. vezetőjét ennek megfelelően horvát ügyvédje, Goran Mikulicic képviseli a tárgyalásokon.
A magyar bíróságok az ügyben bizonyos vádpontokban felmentették Hernádit, míg más vádpontokban megszüntették ellene az eljárást. Az ügyben pótmagánvádlóként a Mol korábbi jogi igazgatója és részvényese, mint sértett járt el, emiatt felmerült, hogy gyakorlatilag így akarják a jogerős felmentést kiharcolni, amire utóbb a horvát bíróságok előtt is hivatkozni lehetne. Zamecsnik Péter, Hernádi ügyvédje ezt cáfolta.