A horvát korrupció és szervezett bűnözés elleni ügyészség (USKOK) 2013-ban emelt vádat Hernádi Zsolt ellen. Az USKOK szerint a Mol vezetője 2008 és 2009 között tízmillió euró kenőpénzt adott át Ivo Sanader akkori horvát kormányfőnek azért, hogy a Mol megszerezhesse az INA horvát olajipari vállalat irányítási jogát. Sanadert ezért júniusban nyolc és fél év börtönbüntetésre ítélte a horvát bíróság. Az USKOK indoklásában az áll, hogy a Mollal való megegyezés értelmében Ivo Sanader, hivatali tekintélyével visszaélve, Horvátországra nézve hátrányos szerződést kötött.
A Mol Nyrt. és Hernádi Zsolt visszautasította a vádakat, leszögezve, hogy soha nem korrumpált egyetlen politikust sem, és nem adott pénzt azért, hogy megszerezze a horvát INA-ban az irányítási jogokat. A per egyébként február 12-én kezdődött volna, de azt a bíró elhalasztotta, miután a védelem decemberben azt kérte, hogy a vádlott számára is érthető nyelvre fordítsák le a per anyagát, amit akkor a bíró elutasított. Hernádi ügyvédjei fellebbeztek legfelsőbb bíróságon, de a mai napig nem született döntés az ügyben.
Hernádi ellen az USKOK már egyszer – 2012 decemberében – megszüntette a nyomozást, majd miután Horvátország csatlakozott az Európai Unióhoz, újraindította. Az újonnan indult vizsgálat során az ügyészség Hernádi Zsolt vizsgálati fogságát is elrendelte, de Magyarország elutasította kiadatását.