Ursula von der Leyen, az Európai Bizottság elnöke, David Maria Sassoli EP elnök és Antonio Costa, a Tanács soros elnökségét ellátó Portugália miniszterelnöke ünnepélyes keretek között 2021. március 10-én írták alá a konferencia elindításához szükséges intézményközi közös nyilatkozatot. Mindhárman egyetértettek abban, a Magyarország részéről már korábban hangoztatott gondolatban, hogy a konferencia akkor lehet sikeres, ha a gondolkodás középpontjába az állampolgárokat helyezi, és konkrét szakpolitikai témákra és eredményekre összpontosít. Ursula Von Der Leyen szavait idézve a konferencia nem lehet kizárólag a „brüsszeli buborék” újabb eseménye, ezúttal túl kell lépni Brüsszelen.
A közös nyilatkozat szerint az Európa Jövőjéről Szóló Konferenciát Európa szerte különböző szinteken és formációkban szervezett vitákkal és eszmecserékkel tervezik megvalósítani minden érdekelt fél, köztük az állampolgárok és civil szervezetek részvételével, az események szellemi termékeit pedig egy többnyelvű, nyilvánosan hozzáférhető online platformon teszik közzé. A folyamat kulcseseményei a Konferencia plenáris ülései lesznek, amelyeken megvitatják a becsatornázott vélemények alapján készült, témákra osztott ajánlásokat. A plenáris ülések következtetéseit egy, a Tanács, a Bizottság és a Parlament egyenlő arányban megoszló tagjaiból álló vezető testület vonja le és teszi közzé. A vezető testületet, amelybe mindhárom intézmény három tagot és négy megfigyelő tagot küldhet, a három uniós intézmény egy-egy képviselője fogja társelnökként vezetni, akik a konferencia végeredményét jelentés formájában mutatják majd be a folyamat élén álló együttes elnökség számára, amely a Tanács, a Bizottság és a Parlament elnökeiből áll. A Tanács leendő soros elnökeként Magyarország azon 7 tagállam közé tartozik, amely megfigyelőként részt vehet majd a vezető testület ülésein, ezzel is mélyebb betekintést nyerve a folyamatba.
A fenti megállapodás több mint másfél évvel azután született meg, hogy Ursula von der Leyen bizottsági elnök politikai iránymutatásai között 2019. július 16-án felvázolta az Európa Jövőjéről Szóló Konferencia gondolatát. Azóta számtalan formális egyeztetés folyt a Tanács, a Bizottság és a Parlament között. Érzékletes tény, hogy az intézményközi egyeztetések leghangsúlyosabb részének nem az bizonyult, hogy hogyan csatornázzák be a leghatékonyabban az állampolgárok véleményét, hanem az, hogy ki legyen a Konferencia elnöke. A megállapodás elfogadását egy balliberális, föderalista politikus személyi ambíciói hátráltatták, aki arra hivatkozva tartott volna igényt a konferencia elnöki pozíciójára, hogy 2019-ben nem őt választották meg az EP elnökének.