Aggályosnak tartjuk, hogy az előterjesztés nem rendelkezik arról, hogy a kutatóhálózat tagintézményeinek vezetői a jelenleg hatályos nyílt pályáztatási eljárással és az Irányító Testület minősített többségi döntésével kerüljenek pozíciójukba.
A kutatóhálózat tudományos működésének autonómiáját kérdésessé teszi, ha a kutatóhálózat titkárságának gazdasági vezetőjét a felelős miniszter nevezi ki.
A módosítások lényegében teljes kormányzati – politikai – irányítást biztosítanak a kutatóhálózat felett, szöges ellentétben a mintának tekintett német gyakorlattal. Ez a törekvés, valamint a Nemzeti Tudománypolitikai Tanács felépítése és abban az illetékes miniszter megnövekedett szerepe potenciálisan veszélyezteti a kutatás és a tudomány Alaptörvényben is garantált szabadságát.