Így lett 1982-ben Helmut Kohl nyugatnémet kancellár. Se neki, se Genschernek nem jósoltak ekkor nagy jövőt. Aztán persze e jövő másképp alakult: 1989/90 változatos hónapjaiban e két politikus állt az előtérben, megteremtve az egységes Németországot, biztosítva annak euróatlanti elkötelezettségét és közép- és kelet-európai politikai súlyát.
Genscher külügyminiszterként tárgyalta végig azon nehéz hónapokat, amikor sokan féltek egy német egységtől. Ő azonban bátor volt, és kezdeményező. A német egységet elhelyezte egy olyan külpolitikai térben, amely megnyugtatta a nyugati és keleti szövetségeseit. És amely tér Németország külpolitikai mozgásterét sokban növelte. Genscher ugyanis nem csak a német egység külügyminisztere, de például a szlovén vagy a horvát függetlenségéé is. Ő volt ugyanis az az európai politikus, aki a német érdekeknek megfelelően a leghatározottabban szorgalmazta Jugoszlávia lebontását – hogy annak hűlt helyén, a nyugati részén németbarát államok, mint Szlovénia és Horvátország, jöjjenek létre.
Ez bizonyítja, hogy Genscher még a régi iskola embere volt. Geopolitikának, s nem humanitárius akciónak tartotta a külpolitikát. Taktikai lépései azonban nem a nihilizmus felé tartottak. A béke volt a legfontosabb célja. Megtapasztalva a háborút, majd az NDK-ból menekülve át a nyugati részre, az elnyomás és a militarizmus minden formáját elutasította.
Békésen egységesülő Németországot akart egy egységes Európában. Ezzel pedig kifejezte az FDP egyszerre liberális és nemzeti jellégét. És ahogy a párt taktikázott a német politika közepén, úgy képzelte el ő a német külpolitikát is Washington és Moszkva között: értékeiben egyértelműen az előbbi mellett állt, de érdekeiért akár az utóbbival is kész volt összefogni. Genscher a német külpolitika azon hagyományát képviselte, amely Oroszországot sohasem felejtette ki Európa rendezéséből. Míg azonban a történelemben e közös »rendezés« gonosz célokat szolgált, Genscher az oroszokkal a hetvenes évek elejétől kezdve azért folytatott párbeszédet, hogy Európa egységét békében biztosíthassa.
Genscher amúgy belügyminiszterként lépett először a bonni politika színpadára: Willy Brandt alatt töltötte be a posztot, olyan időben, amikor a belügyminiszterség is sok tárgyalással járt – például az 1972-es müncheni olimpia palesztin terroristáival. Akkor és ott nem sikerült a békés rendezés. 1974-től lett aztán külügyminiszter, és a németek emlékezetében ekként maradt meg.