„Bánffy főgondnok 1947 novemberében elkísérte a püspököt Marosvásárhelyre generális vizitációra, tíz napig az egyházi intézményeket látogatták végig ellenőrzés és a személyi kérdések megoldása végett. Leányának igen szemléletesen írta le a vizitáció lefolyását: »a fő feladat a református kollégium ügye volt, hol új igazgatót választottak, ki ellen többféle panaszok futottak be, mert az új igazgató21 szélső radikális érzületű és az öregebbek persze sok mindennel vádolták. Ő maga is azt hitte, hogy mi ellene szálltunk ki, és mikor először találkoztunk, olyan volt, mint a tövisdisznó, aki az összes tüskéit fölállítja. Persze leginkább velem, mint „gonosz arisztokratával”. Nagyon mulattam rajta, lassacskán belátta, hogy mi nem vagyunk olyan sötétek, amilyennek képzelt minket, és a végén már bizalmas lett és udvarias.« Avizitáció tagjai a kollégium konviktusában ebédeltek a diákokkal együtt, és a Kolozsvárott ekkoriban igen egyszerűen élő Bánffy nagyon méltányolta az »egyszerű, de jó ízű« kosztot, de még jobban örült a vacsorameghívásoknak Miskolczy Dezsőékhez vagy Molter Károlyékhoz.
1948. március 24-én az igazgatótanácson az egyházi törvényeknek az új politikai helyzet megkövetelte átalakítását és a felekezeti iskolák helyzetét tárgyalták, és Bánffy Miklós kiemelte: »a mi egyházunk mindig magyar volt, és magyar lesz mindenkor a jövőben is, és a magyar nyelv jogát biztosítani kell a jövőre minden tekintetben, különösen az oktatásban«.
Az egyházi jegyzőkönyvek hivatalos nyelvezetében semmi sem utal a változásokra, de a sorok között érezhető, hogy az arisztokrata főgondnokok az egyre erősödő állami ellenőrzés és „népi demokratikus" nyomás hatására már nem dolgozhattak a régi társadalmi súllyal és tekintéllyel. Ennek tudható be, hogy dr. Szász Pál, az EMGE elnöke 1948 nyarán lemondott igazgatótanácsosi tisztségéről. Gr. Bethlen György 1948. július 20-án mondott le főgondnoki tisztségéről, indokait csupán sejtetve: »Komoly kétségem van a tekintetben, vajon - anélkül is, hogy gyarlóságaimat tekintsem - lehetek-e Anyaszentegyházunknak hasznára? Ezért lelkiismeretes megfontolás után, mély sajnálatomra erre az elhatározásra jutottam, hogy minden egyházi tisztségemről ezennel lemondok. Ezúton is hálás köszönetemet fejezem ki mindazoknak, kiknek megtisztelő és kitüntető bizalma tisztségeket ruházott reám, valamint mindazoknak, kik munkámban segítettek.«
Teleki Arctur és Bánffy Miklós helyükön maradtak, de már nem sokáig. Az 1948 májusában Nagyváradon ülésező zsinaton még mindketten részt vettek, és az erdélyi egyházkerület nevében Bánffy köszöntötte a királyhágómelléki egyházkerület május 23-án, vasárnap beiktatott új püspökét, Arday Aladárt. Hétfőn, 24-én kezdődött a zsinat érdemi tárgyalása, amikor Teleki Arctur elnökletével az egyház 1932-ben elfogadott törvényeit (statútumát) kellett összhangba hozni az új kultusztörvénnyel és a Román Népköztársaság alkotmányával.
A szeptember 2-án Kolozsvárott tartott igazgatótanácsi ülésen részt vettek, ekkor tárgyalták a zsinat megújítását új választások útján, és előkészítették a romániai protestáns egyházak közös Teológiai Intézetének megalapítását. Akövetkező napon a zsinati elnökség ülésezett, Teleki Arctur is jelen volt az új zsinati választásokat elhatározó gyűlésen. Október 24-én már új összetételben ülésezett a zsinat Kolozsvárott, az arisztokrata főgondnokok »természetesen« kimaradtak a választásból. Mellőzésük indoklását dr. Takáts Lajos miniszterhelyettesnek a zsinatot köszöntő szavaiban találhatjuk meg: »egyházunk nem ad szállást azoknak a reakciós, népellenes elemeknek, akik a vallás leple alatt egyházellenes tevékenységet fejtenek ki ...a szocializmus felé haladó népköztársaságunkban ...egyházunk legyen a dolgozó nép egyháza, ...a földműves és munkásosztály minél erőteljesebben kapjon képviseletet a falusi presbitériumoktól kezdve a legmagasabb fokozatokig.« Az igazgatótanács következő, 1949. január 11-i rendkívüli ülésére, amikor a Teológiai Intézet ügyeit tárgyalták, még mindketten meghívót kaptak, tényleges részvételükről azonban nincs adatunk, a következő, július 16-i rendes ülésen viszont már nem jelentek meg, és a jegyzőkönyv egy szóban sem emlékezett meg a két volt főgondnok több mint két évtizedes áldozatos tevékenységéről.
Bánffy Miklós emelt fővel és töretlen keresztyén lélekkel viselte a mellőztetést, tudva, hogy a kiépülő kommunista diktatúrában az egyház is kényszer alatt cselekszik.”