A nyilasok elől a házaspár Nagyváradra menekült, ahol sógora volt a rendőrkapitány. Odahagyott Dorottya utcai műterme az ostrom idején leégett, és amikor 1946-ban visszatértek Magyarországra, tárgyaik, könyvtáruk, képeik, negatívjaik töredékét találták csak meg. Ekkortól kezdve az ízig-vérig polgár Pécsi nem találta, nem találhatta meg a helyét egy ideológiailag deklaráltan is polgárellenes világban. A létezett szocializmus dicsőségét hirdeti Pécsi József életének utolsó tíz esztendeje. Az az ember, aki 1911 és 1940 között 17 nagydíjat, köztük 5 aranyérmet, 5 ezüstérmet, oklevelek, plakettek tucatjait érdemelte ki, Vámház körúti (ami akkoriban Tolbuchin marsall nevét viselte) lakásában igazolványképek, portréfotók készítéséből élt. Egy levelében külföldön élő volt tanítványától használt, de még jó állapotban lévő télikabátot kért. Hosszú betegség után, 67 évesen halt meg. Volt műteremházán, a Dorottya utca 8. bejáratánál emléktábla őrzi nevét. Szerencsére rendre jelennek meg utánnyomásban könyvei, készülnek kiállításai, helye a magyar fotográfiában szilárd. A magyar reklámfotográfia legfontosabb nívódíját nevezték el róla.”