A Princeton Egyetem és a CIRAD francia agrárkutató szervezet kutatói azonban nem a biogázt tartják a legjobb módszernek. Szerintük, az Európai Unió által megújuló energiaforrásként értékelt bioüzemanyagok aláássák az európai klímacélokat. Ezek teljesítéséhez fontos volna, ha a tervben az energianövények termesztésére szánt területeket erdősítenék vagy természetközeli módon kezelnék. Az ellentét valós, mert a klímacélokban az Európai Bizottság szerint is javítani kell a talajok és erdők szénmegkötő képességét, és növelni kell a biodiverzitást Európában, a bioüzemanyag-termeléssel viszont feláldoznák ezeket a célokat.
A kutatók szerint a döntéssel a termőföld egy részét kizárólag bioüzemanyag-termelésre használnák ki, ami azt jelenti, hogy
az európai országok kénytelenek lesznek Európán kívüli területet keresni élelmiszernövények termesztésére.
A biogáz előállítása során metán keletkezik, amihez bármilyen szerves anyag használható. Tehát akár a hulladék szerves anyag is feldolgozható. Természetesen a koncentráltabb szerves anyagból több metán nyerhető ki. A termelés folyamatossága szempontjából viszont fontos, hogy a felhasznált szerves anyag azonos minőségű legyen. Ezért előszeretettel használnak hozzá kukoricasilót, amelyet megfelelő mennyiségben lehet megtermelni, és hosszabb távon is tárolható.
A tanulmány azt javasolja, hogy az EU bioüzemanyag-termelését csökkentsék a 2010-es szintre, és hogy a jelenleg etanol- és biodízeltermelésre használt földterület nagy részét újra felhasználhassák az erdőgazdálkodásra és az élelmiszertermelésre. Szerintük ez lehetővé tenné Európa számára, hogy helyreállítsa a kontinens jelentősen lecsökkent biológiai sokféleségét, ami az éghajlatra is pozitív hatással lenne.