A 2001. szeptember 11-i terrortámadásokat követően került az FBI látókörébe, miután pénzt küldött iszlamista terrorcsoportoknak.
A hatóságok emellett azzal gyanúsították, hogy csatlakozott az al-Kaidához, majd Pakisztánba hazatérve feleségül ment a 2001-es merényletek egyik kitervelőjének tartott Hálid Sejk Mohammed egyik családtagjához.
Évekkel később az afganisztáni Gazniban bukkant fel, ahol az amerikai erők őrizetbe vették, a kihallgatás során pedig Siddiqui „Halál Amerikára!” kiáltással magához ragadott egy fegyvert, és le akarta lőni a katonákat, de egyedül saját magát sebesítette meg.