Küng tanácsadóként vett részt a II. Vatikáni Zsinaton, azóta azonban többször is konfliktusba került Rómával. A Hittani Kongregáció 1979-es deklarációjában azt írta a teológusról, hogy az „eltávolodott a katolikus hit lényegi igazságától, ami miatt nem tekinthető többé katolikus teológusnak és nem is működhet tanítóként tovább”.
Mivel elutasította a pápai tévedhetetlenség dogmáját és számos más, alapvető katolikus tanítást bírált, ezért eltiltották az egyházi egyetemek teológia szakjain való tanítástól, így az állami fenntartású tübingeni egyetemen lett az ökumenikus teológia professzora. A papságtól nem fosztották meg, habár folyamatosan vitában állt Rómával.
A kilencvenes években belekezdett a Weltethos-, azaz a Világetika-projektbe, mely azt vizsgálta, a világ nagy vallásaiban mi a közös. Küng egy globális etikát keresett. A 2000-res években a eutanáziát próbálta igazolni keresztény szemszögből, majd II. János Pált kritizálta, mondván, a zsinat előtti állapotokat akarta helyreállítani.