Az ellene folyó vizsgálatról az igazságügyi minisztérium értesítette a tábornokot, akinek ügyvédje erről január 4-én beszámolt a Fehér Házban az ügyek átvételét intéző csapat vezető jogászának, Donald McGahnnak, aki jogi tanácsadóként most is a Fehér Házban dolgozik. A leendő nemzetbiztonsági tanácsadó ügyvédje kétszer is tárgyalt erről vele. A The New York Times szerint a Fehér Ház újdonsült munkatársi gárdája jóval korábban tudott a Flynn elleni nyomozásról, mint ahogyan az március elején nyilvánosságra került. Michael Flynnt ezek ellenére kinevezték nemzetbiztonsági tanácsadónak. A The New York Times felhívja a figyelmet: a megbízatás egyúttal lehetőséget teremtett neki arra, hogy hozzáférjen csaknem valamennyi titkos hírszerzési anyaghoz.
A McClatchy portál információi szerint Flynn – napokkal Donald Trump beiktatása előtt – megakadályozta egy olyan hadművelet végrehajtását, amelyet még az előző elnök, Barack Obama rendelt el az Iszlám Állam (IÁ) nevű terrorszervezet ellen, feltételezhetően azért, mert azt Törökország ellenezte. A McClatchy szerint egy olyan hadműveletről van szó, amely az IÁ székhelye, a szíriai Rakka ellen intéztek volna. Bár nem derült ki, hogy Flynn miért akadályozta ezt meg, az köztudomású, hogy Ankara ellenez minden olyan hadműveletet – még ha a terroristák elleni harcról van is szó –, amelyet az IÁ elleni nemzetközi koalíció a szíriai kurdokkal közösen hajt végre. A portál úgy értesült: Flynn 500 ezer dollárt kapott Törökországtól arra, hogy képviselje az érdekeit, de ekkor még nem volt bejegyezve az igazságügyi minisztériumban külföldi ügynökként, ezt csak később történt meg, visszamenőleges hatállyal.
A Fox televízió részletes összeállítása jobbára a The New York Timesban megjelent információkra támaszkodott, felidézve azt, hogy Donald Trump csak saját beiktatása után 24 nappal, február 13-án kényszerítette lemondásra Michael Flynnt. Akkor is azzal az indokkal, hogy a nemzetbiztonsági tanácsadó félrevezette Mike Pence alelnököt a washingtoni orosz nagykövettel tartott találkozóival és megbeszéléseivel kapcsolatban.