A bírálatokat hamar cselekvés követte: júniusban megalakult egy akadémiai reformbizottság, amely célul tűzte ki, hogy megváltozzon az MTA-testületek rendszere, a kutatóhálózat, a vagyongazdálkodás és a finanszírozás, valamint a központi szervezet. A javaslatok közt szerepelt, hogy a kutatóegységek a központi költségvetési támogatás fejében társadalmilag releváns feladatokat lássanak el, továbbá hogy az MTA kezdje meg szellemi tőkéjének felmérését és növelését, különösen a technológiai transzfer, a szabadalmaztatás és a publikációk terén. A problémákat Hiller István szocialista kultuszminiszter is szóvá tette az Akadémia 2007. májusi közgyűlésén. Beszédében hiányolta a tudományszervezést, az intézményhálózat tartalmi működését érintő előrelépéseket. „Meg kell vizsgálni, milyen módon lehet erősíteni a kutatás-fejlesztés és a gazdaság kapcsolatát. Át kell tekinteni a tudományos teljesítmény és a kutatási eredmények értékelésének problematikáját is” – fogalmazott a politikus.
„Összezár egy tudományos elit, lobbik harcolnak pozícióik megtartásáért”
2009-ben a parlament elé került az 1994-ben elfogadott akadémiai törvény tervezett módosítása, amelyről Molnár Károly kutatás-fejlesztésért felelős tárca nélküli miniszter bizakodóan beszélt. Úgy vélekedett, hogy a módosítás garantálja a differenciáltabb intézményfinanszírozást, modernizálja az MTA költségvetésével és vagyongazdálkodásával kapcsolatos feladatokat, így átláthatóbbá és gazdaságosabbá válhat a működése, és létrejöhet egy modern kutatóhálózat. A reformok Pálinkás József elnöklése alatt indultak el. Létrejött a Lendület program, amelyben célul tűzték ki, hogy a külföldön élő magyar tudósokat hazahozzák, és 2011-ben döntés született a köztestület intézményrendszere átalakításáról. Létszámleépítés, szervezeti átalakítás és profiltisztítás is történt, és új teljesítményértékelési rendszert is bevezettek. Ezzel azonban a következő elnök, Lovász László lezártnak tekintette a reformfolyamatot.