1679-ben ismerkedett meg a nála 14 évvel idősebb özveggyel, Zrínyi Ilonával.
Thököly számára nem Zrínyi volt az első kínálkozó lehetőség, Teleki Mihály erdélyi fejedelmi főtanácsos lányával, Annával járt jegyben, a frigytől erdélyi kapcsolatainak megerősítését remélte. Nem tudjuk biztosan, hogy Thököly mikor küldte vissza a Teleki-lánynak a jegygyűrűt, de végül ez történt.
Zrínyi Ilonának özvegyként képviselnie kellett saját és gyermekei érdekeit is. 1680-ban ebédre hívta Thökölyt és tisztjeit, amellyel magára haragította anyósát, Báthory Zsófiát, aki szókimondó levélben azt írta, ha élne a fia, I. Rákóczi Ferenc, Zrínyi Ilona férje, akkor
Gyöngyösi István, a kor közismert poétája nem kevesebb mint 498 strófából álló költeményt írt Thököly és Zrínyi Ilona házasságáról. Ebben szerepel, hogy „Az helynek asszonya látja nagy szívesen /Változtatja gyászát, öltözik színyesen.”