2019 februárjában még azt mondta, tiszteletben tartja, hogy a magyar választók többsége Orbánra szavazott, és még a Fidesz Néppártból való kizárása ellenében foglalt állást – majd miután a Néppárt ötöde kezdeményezte a kizárást, hirtelen maga is lépéseket sürgetett.
Keményen reagált a magyar kormány plakátkampányára, bocsánatkérést, a „Brüsszel-ellenes kampány” leállítását és a CEU maradását követelte. Ettől kezdve hangosan elítélte a CEU-val kapcsolatos kormányzati lépéseket, s amikor 2019 márciusában Magyarországra látogatott, egyből a CEU-ra látogatott, majd közölte, egyeztetés helyett ultimátumot hozott (a sajtótájékoztatón már óvatosabb volt).
Weber volt ugyanakkor az is, aki az EU tagországainak jogállami elveinek érvényesülését ellenőrző testület létrehozását is kezdeményezte, ebből lett később a jogállamisági mechanizmus. 2019. március 20-án az EPP felfüggesztette a Fidesz tagságát, Weber maga szorgalmazta a Magyarországgal és Lengyelországgal kapcsolatos jogállamisági kérdések megvitatását, sőt,
közölte, nem akar EB-elnök lenni, ha ahhoz a fideszesek voksai is kellenek – ezzel átlépte a vörös vonalat, Orbán közölte, nem támogatja tovább Webert.
tovább Webert.Egy jó ideig tartó, a koronavírus-járvánnyal is megnyújtott – huzavona után végül – mint emlékezetes – a Fidesz nem várta meg a kizárást, magától lépett ki 2021 márciusában.