Az 1848-1849-es szabadságharc leverését kegyetlen megtorlás követte. A közkatonák amnesztiát kaptak ugyan, de sokukat besorozták a császári seregbe, a magasabb rangú tisztek, tisztviselők pedig hadbíróság elé kerültek. A tárgyalások sorrendjét a „bűnösség” foka határozta meg: elsőként a „főbűnösök”, a csehországi Olmützben (Olomouc) Batthyány Lajos, Aradon pedig a honvédsereg önálló seregtestet vezénylő főtisztjeinek perét folytatták le.
Gróf Batthyany Lajos pere
A tisztségéről 1848. október 2-án lemondó Batthyányt 1849 januárjában Pesten tartóztatták le. A szabadságharc bukása idején Olmützben raboskodó politikust 1849. augusztus 30-án a haditörvényszék koncepciós eljárásban, felsőbb utasításra, felségárulás miatt kötél általi halálra és teljes vagyonelkobzásra ítélte, de kegyelemre ajánlotta. A per még azt a bécsi utasítást is megsértette, hogy a vádlottak csak a magyar parlament 1848. október 3-i feloszlatása utáni forradalmi cselekményekért vonhatók felelősségre, ugyanis a vád alapját Batthyány korábbi cselekményei (többek között külföldi hatalmakkal való kapcsolatfelvétel, a horvátokkal és az osztrák kormánnyal történő megegyezés elmulasztása, uralkodói jóváhagyás nélküli honvédújoncozás és papírpénz-kibocsátás) alkották. A kegyelemre ajánlást Ausztriában az íratlan szabály szerint figyelembe kellett venni, ezért Batthyányt Pestre vitték, ahol a Magyarországot teljhatalommal kormányzó Haynau táborszernagy 1849. október 5-én megerősítette az ítéletet.
Aradi vértanúk pere
Aradon 1849. szeptember 26-án tizenhárom tábornokot és egy ezredest (Lázár Vilmost, aki szintén önálló seregtestet irányított) ítéltek halálra felségsértés és lázadás miatt. Haynau ezt szeptember 30-án hagyta jóvá, de Gáspár András (Ferenc József egykori lovaglómestere) büntetését az utolsó pillanatban börtönre változtatták.
A kivégzések
A kivégzéseket október 6-ra, az egy évvel korábbi bécsi felkelés és Latour osztrák hadügyminiszter meglincselésének évfordulójára időzítették. A börtönként szolgáló pesti Újépületben Batthyány éjszaka egy becsempészett tőrrel nyakon szúrta magát, és súlyos vérvesztesége miatt nem lehetett végrehajtani a megbecstelenítőnek számító, jobbára köztörvényeseknél alkalmazott akasztást. Mivel a kivégzésnek meg kellett történnie, a helyi parancsnok a kötél általi halálbüntetést saját hatáskörben „porra és golyóra” változtatta – ennek hallatán Haynau később idegrohamot kapott. Batthyány nem engedte a szemét bekötni, és maga vezényelt tüzet a kivégzőosztagnak, utolsó szavai három nyelven hangzottak el: „Allez, Jäger! (Rajta, vadászok!) Éljen a haza!” Kivégzésének színhelyén, az egykori Újépület falánál 1926. október 6-án avatták fel a Pogány Móric tervei alapján készült Batthyány-örökmécsest, amely a szabadság jelképe, a kádárizmus utolsó éveiben a március 15-i ellenzéki tüntetések rendszeres színhelye lett. Magyarország első miniszterelnökének hamvai a Fiumei úti Nemzeti Sírkertben, a Batthyány-mauzóleumban nyugszanak.