Amikor 1949. május 15-én megkezdte öthetes Csík megyei bérmaútját, személye már évek óta a hatalom célkeresztjében volt. A falvakban a székelyek testükkel védték püspöküket, szabályos őrséget alakítottak, faluról falura kísérték, így akadályozva meg, hogy a Securitate emberei a közelébe férkőzzenek. Amikor azonban a katolikus főpásztort Bukarestbe hívatták a kultuszminiszterhez, útja végzetesnek bizonyult: a Tövisre vezető úton csellel letartóztatták.
„A trianoni békeszerződést is a gyűlölet és a bosszú diktálta”
Kétéves rabságot követően a Bukaresti Katonai Törvényszék I-es Tagozatának ítélőtanácsa 10 év szigorított fegyházra és életfogytiglani kényszermunkára ítélte. A bíróság előtt a leghatározottabban cáfolta, hogy Titóval és Rajk Lászlóval szövetkezve meg kívánta volna dönteni Románia kormányát. Elismerte viszont, hogy új határ megállapítását indítványozta, valamint az önkéntes lakosságcserét sem tartotta elképzelhetetlennek: „A trianoni békeszerződést is a gyűlölet és a bosszú diktálta. […] Romániában él közel kétmillió magyar. Ez tény, amit nem lehet letagadni. […] Most volt alkalom az új békeszerződések tárgyalásakor, amikor Európában módosítottak nem egy országhatárt, hogy a magyar–román kérdésben is találjanak a győztes hatalmak egy olyan megoldást, amely véglegesen, s lehetőleg igazságosan rendezné a román-magyar kérdést. Mi nem akarunk igazságtalan megoldást, nem akarjuk az olyan dél-erdélyi megyéket elvitatni, ahol a román nemzetiségű lakosság többségben van, csak olyan területet, ahol a magyar anyanyelvű lakosság van többségben. A Dél-Erdélyben maradt magyarok és az Észak-Erdélyben maradt románok önkéntesen helyet cserélhetnének. Egyszer már békét kellene teremteni a két nép között, de ez a béke nem valósulhat meg kizárólag az egyik nép rovására.”
Előbb Nagyenyeden, majd pedig a máramarosszigeti börtönben raboskodott. A kínzással is felérő bánásmód következtében állapota folyamatosan romlott. Diplomáciai okokból 1955-ben – immáron Bukarestben – felfüggesztették a börtönbüntetését, és orvosi kezelésben részesítették. Ezután visszatérhetett Gyulafehérvárra, ahol biztos kézzel vette vissza egyházmegyéjének kormányzását. Elkövetkező bérmaútjai az eddigieknél is nagyobb jelentőséggel bírtak a hívei számára. A püspök azonban nem került ki a hatalom látóköréből: 1957-ben házi őrizetbe vették, amely többszöri meghosszabbítást követően végül tíz éven át tartott.
VI. Pál pápa: Engedelmeskedjetek püspökötöknek, mert szent