A határ menti programokat korábban a Nemzeti Fejlesztési Minisztérium koordinálta az NFÜ-n keresztül, majd a feladat 2013 elején a Miniszterelnökséghez került. Az Index szerint a Miniszterelnökség nem tett meg semmilyen érdemi lépést annak érdekében, hogy a programokat Magyarországon tartsa, mert a költségvetésük sokkal kisebb a hazai „mainstream” programokénál.
A portál azt írja: ha a román és a szlovák program irányítása is elkerül Magyarországról, akkor feloszlik a célra létrehozott szakértői bázis és félő, hogy olyan fejlesztések fognak megvalósulni a közös, mindkét oldalon magyarlakta térségekben, amelyeknek nincs magyar vonatkozású relevanciájuk.
Az Index a Miniszterelnökséget is megkérdezte, ahol azt közölték: „A magyar kormányzat nyitott arra, hogy a fejlesztéspolitikában véghezvitt intézményrendszeri reform részeként a határ menti programokat is új intézményi keretben valósítsa meg a 2014–20-as időszakban, amely új rendszert azonban minden esetben a partnerországgal egyetértésben fogunk kialakítani.” Hozzátették: a román féllel még nincs végleges megállapodás az irányítási struktúra minden részletében.