A vallási tevékenységet végző szervezet egyházkénti elismerését a szakminiszternél kell előterjeszteni, akinek az eljárásba szakértőket is be kell vonnia. Ezt követően a tárcavezető továbbítja állásfoglalását az Országgyűlés vallásügyi bizottságának, amely előkészíti az erről szóló parlamenti javaslatot, a Háznak pedig 60 napon belül kell döntenie. Az egyházkénti elismerés menetének részletszabályait a múlt pénteken elfogadott, a KDNP kezdeményezte házszabály-módosítás tartalmazza: ez alapján a vallásügyi és a nemzetbiztonsági bizottság is kap feladatot az elismerési eljárásban, mielőtt a Ház összevont vitában meghozza döntését.
Azok a vallási szervezetek, amelyeknek az Országgyűlés nem biztosít bevett egyházi státust, kérhetik a parlamenti határozat felülvizsgálatát az Ab-tól. A mostani törvénymódosítással ugyanis változik az Ab-törvény is, megteremtve ezzel az Országgyűlés döntésével szembeni jogorvoslat lehetőségét. Így az Ab felülvizsgálhatja az egyházkénti elismerést elutasító parlamenti határozatot – az érintett szervezet indítványára. Továbbra is adott azonban az elutasított kezdeményezés egy évvel későbbi ismételt megindításának lehetősége.
Az elfogadott módosítás alapján azokat a vallási közösségeket, amelyek esetében – az Ab döntése nyomán – nem alkalmazhatók a jogszabály korábban hatályos rendelkezései, az egyházként való elismerés kezdeményezésére hívják fel. Az erre biztosított, a passzus hatálybalépésétől számított 30 napos határidő jogvesztő. Ennek elmulasztása vagy elutasítás esetén a vallási közösség vallási tevékenységet végző szervezetként működhet. Balog Zoltán zárószavazás előtti javaslatával a Ház rendelkezett a bevett egyházak megszűnésére vonatkozó szabályok pontosításáról is.
Eszerint az alkotmányellenesen működő bevett egyház nem szűnik meg, hanem az Országgyűlés által neki biztosított sajátos közjogi jogalanyiságát veszti el, de vallási tevékenységet végző szervezetként működhet. Ugyanakkor az ilyen jogi szervezeti keretek között folytatott további alkotmányellenes működés esetén – az ügyész törvényességi ellenőrzési jogosítványai alapján indított perben – végső soron a vallási tevékenységet végző szervezet megszűnésére is sor kerülhet. Utóbbival szemben bírósági jogorvoslatra van lehetőség, ellentétben az Országgyűlés megszüntető döntésével, amelynél ez nem biztosítható.