A "Japán Atlantiszként” emlegetett téglalap alakú, egymásra pakolt piramisokra emlékeztető képződmény, vélhetően több mint 10.000 éves. Egyesek úgy gondolják, hogy ez egy rég elveszett csendes-óceáni civilizációból maradt, valószínűleg Japán őskori Jomon népe építtette őket, akik már Kr. E. 12000-ben benépesítették ezeket a szigeteket.
Mások szerint a helyszín a világ minden táján természetes képződményekhez hasonlít, határozott élekkel és síkfelületekkel, mint például Észak-Írország óriás útja, amelynek ezernyi egymással összekapcsolt bazaltoszlopát egy több millió évvel ezelőtti vulkánkitörés hozta létre.
Yonaguni keskeny folyosói, íves bejáratai és a látszólag párhuzamos 90 fokos szögei ellenére a szokatlan képződményei nagyrészt természetesnek hatnak, nem pedig ember alkotta építménynek.