Wootton megmutatja, hogy tévhit a nézet, miszerint a reformáció tudományosan is újszerűbb, forradalmibb, frissebb lett volna, mint a katolicizmus. Ez egyáltalán nem igaz, hiszen az kizárólag egy vallási mozgalom volt, de tudományos nézeteket tekintve nem különbözött a katolikus intézmények által tanított tudománytól. Kepler érvét például, miszerint a kopernikuszi nézetek összhangba hozhatók a Bibliával, épp protestáns teológusok cenzúrázták, míg a katolikus II. Rudolf német-római császár alatt publikálták. Több példa is mutatja, hogy a protestantizmus, mint államvallás épp olyan konzervatív volt sok esetben, mint a katolicizmus.
A régi tudományt, azaz a régi arisztotelészi fizikát és a ptolemaioszi asztronómiát nem a vallás váltotta le, hanem többek között a felfedezőutak, a teleszkóp és a barométer.
A reformáció nélkül is megtörtént volna a tudományos forradalom, sőt gyorsabban is, hiszen enélkül a katolikus egyház is kevésbé dogmatikusan reagált volna az újításokra.
A protestantizmus és a tudományos értékek között nincs egyértelmű kapcsolat, hiszen a katolikus egyházzal szemben épp a protestáns fundamentalizmus vetette el a darwinizmust. Protestáns forradalom nélkül is létrejött volna a teleszkóp, Galilei megfigyelte volna a Vénusz fogyó és növekvő fázisait. A tudományos problémák ekkor is ugyanúgy jelen lettek volna, ahogy a természetet kutató tudósok is.
Wootton szerint a tudósoknak sem ünnepelni, sem elítélni nem kell a lutheri tézisek ötszáz évvel ezelőtti publikálását. Számos jelentős protestáns, katolikus, ateista vagy más hitű tudós alkotott a tudományos forradalomban. E forradalommal a tudomány saját megismerési módokat fejlesztett, így függetlenedve a filozófusoktól és a teológusoktól. Newton eretneksége (aki unitárius volt) és a meggyőződése, hogy a bibliai kronológia segít kiszámítani a világvége időpontját, nem segítette, de nem is akadályozta abban, hogy hasznosnak bizonyuló felfedezéseket tegyen a gravitációról. Pascal is eretnek volt, szerinte ugyanis nem létezik szabad akarat, de valószínűleg ez sem segítette, hogy alaposan kidolgozott elméletet alkosson a folyadékok és gázok nyomásáról.
A reformáció és a tudományos forradalom tehát nem okai egymásnak. Azonban több mint véletlen, hogy egyszerre jöttek létre: mindkettő a hirtelen megjelenő nyomtatás hódító útjának eredménye. Míg a tudományban és a vallásban a korábbi reformmozgalmak egyaránt megbuktak, addig az 1439-ben Johannes Gutenberg által létrehozott nyomtatás lehetővé tette, hogy ezek már sikeressé váljanak.
Ha a modern tudomány előzményeit keressük, akkor Gutenberhez, nem pedig Lutherhez kell fordulnunk