A magasra tett lécet aztán a későbbiekben sem verte le. Jött a Kegyelmi viszonyok című novelláskötete 1986-ban, majd Az ellenállás melankóliája 1989-ben. Ez a három könyv igazi raritás a huszadik századi magyar irodalomban, ritka erős trilógia. Bár Krasznahorkai nyilván nem trilógiának szánta őket, mégis lehet olyan érzésünk, hogy sok szálon kapcsolódnak egymáshoz. Krasznahorkai olyasmiről beszél ezekben a könyveiben, amiről előtte a magyar irodalomban alig valaki beszélt. Az ember létbe-vetettségének metafizikai dimenzióit rajzolja meg végtelen hosszú mondataival, s ezen dimenziókat bontogatja szét akkurátusan és kétségbeejtően.
Világképével, apokaliptikus hangoltságával nyilván lehet(ne) vitatkozni, nevezetesen és főképp arról, hogy valóban ennyire reménytelen-e az ember helyzete a világban. Hajlok arra, hogy Krasznahorkainak majdnem igaza van. Hogy miben nincs igaza, abba itt most nem érdemes belemenni, elvégre nem vitairatokat publikált, hanem regényeket és novellákat, amelyek elsősorban és mindenekelőtt irodalmi élmények, katartikus erejük megkérdőjelezhetetlen.
Későbbi műveiben olykor még képes volt hasonló magasságokba jutni, főként az 1999-es Háború és háborúval, a 2003-ban megjelent Északról hegy, Délről tó, Nyugatról utak, Keletről folyó című regényével és a 2008-ban napvilágot látott Seiobo járt odalent című elbeszéléskötetével. Azóta