Nem sokkal miniszterhelyettesi kinevezése után egyébként Rosenstein írta azt a Comey munkáját bíráló feljegyzést, amelyet Donald Trump részben felhasznált Comey menesztésének indoklásakor. Mindazonáltal maga Rosenstein is többször Donald Trump bírálatának középpontjába került. Például tavaly szeptemberben, amikor elsőként a The New York Times című lap megírta: Rosenstein titokban arról egyeztetett az igazságügyi tárca és az FBI egyes tisztségviselőivel, köztük Andrew McCabe ügyvezető FBI-igazgatóval, hogy le kellene hallgatni Donald Trump beszélgetéseit, és ehhez meg kellene győzni kormánytagokat is.
Ennek nyilvánosságra kerülésekor felmerült Rosenstein távozása, de Trump maradásra kérte őt.
A Mueller-vizsgálat jelentésének nyilvánosságra kerülésekor a jelentés egyes részleteit bírálók kereszttüzébe került a miniszterhelyettes. Egy szenátusi meghallgatáson a demokrata párti törvényhozók azt vetették szemére: megítélésük szerint a jelentés nyitva hagyta annak lehetőségét, hogy az igazságszolgáltatás akadályozása ügyében vádat emeljenek az elnök ellen, de a tárca ezt nem tette meg. Rosenstein védelmébe vette mind a vizsgálatot, mind a minisztérium ezzel kapcsolatos álláspontját.