Az egyházak kárpótlásáról húsz éven át tartó éles társadalmi viták után 2012-ben fogadott el törvényt az akkori, jobboldali többségű parlament. Ennek értelmében – a kormány és az országban működő 17 egyház képviselői közötti megállapodás alapján – az egyházak visszakapják a szocialista rendszer idején államosított vagyonuk 56 százalékát. Ez lényegében ingatlanokat, földterületeket, erdőket, halastavakat jelent. A fennmaradó részért, tehát olyan ingatlanokért és földekért, amelyeket különböző okok miatt már fizikailag nem lehet visszaadni, az állam összesen 59 milliárd korona kárpótlás kifizetését ígérte 2030-ig. Ennek az összegnek a túlnyomó része – több mint 47 milliárd korona – a katolikus egyháznak jut.
Korábbi számítások szerint az eredetileg 59 milliárdos összeg – az inflációt is figyelembe véve – végül várhatóan 79 milliárd és 96,5 milliárd korona között lesz. A 2012-es törvény szerint 2030-tól teljes egészében megszűnne az egyházak állami támogatása, ami jelenleg évente mintegy kétmilliárd koronára rúg. A törvénymódosítás alapján ezt az összeget adóztatná meg az állam. A kommunista párt (KSCM) számításai szerint a pénzbeli kártérítések megadóztatása által az állam mintegy 380 millió koronát kaphatna vissza évente.
Csehországban a legutóbbi felmérések szerint is a lakosság mintegy 80 százaléka ellenzi és túlzottnak tartja az egyházak kárpótlását. A sajtóban megjelent vélemények szerint általános a várakozás, hogy az egyházi kárpótlás megadóztatásáról szóló törvénymódosítás végül az alkotmánybíróság elé kerül. A szakrális épületeket, templomokat, kolostorokat a csehországi egyházak röviddel a rendszerváltás után, az 1990-es évek elején már visszakapták.