A kávénak a bél nyálkahártyájára gyakorolt védőhatása a benne található számos anyagnak köszönhető, ilyenek a koffein, a melanoidinek, a diterpének, a polifenolok, melyek megváltoztatják a bél belső környezetét (a mikrobiomot), antioxidáns és antimutagén hatásúak, csökkentik az epesavak kiválasztását, javítják a bél motilitását és kapacitását.
Már évekkel ezelőtt igazolták, hogy a szájüregi és a garat daganatok relatív kockázata a legtöbb kávét fogyasztók körében jóval ritkább, mint a kávéval nem élőknél (RR 0,64)(95%CI 0,51-0,80)(Turati). Az utóbbi években megjelent közlemények pedig arra utalnak, hogy a koffein némileg véd az emlőrák és a bőrrákok kialakulása, a prosztatarák kiújulása és progressziója ellen. A Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention folyóirat 2016. áprilisi számában megjelent közleményben ismertetett vizsgálat pedig az elfogyasztott kávé mennyisége és a kolorektális (vastag– és végbél) rákok közötti fordított arányú összefüggést igazolta.