A július 4-én, Németországban elhunyt politikust, egykori trónörököst a bécsi Kapucinusok templomának kriptájában temették el. Előzőleg a Szent István székesegyházban (Stephansdom) mondtak gyászmisét az elhunytért mintegy ezer gyászoló, köztük európai uralkodóházak tagjai jelenlétében. Részt vettek a gyászmisén osztrák és külföldi politikusok is, köztük Jadranka Kosor horvát miniszterelnök, Jerzy Buzek, az Európai Parlament elnöke, Karl Schwarzenberg cseh külügyminiszter és Semjén Zsolt magyar miniszterelnök-helyettes.
A gyászmise végén megszólalt a Stephansdom legnagyobb harangja, a 21 tonnás Pummerin, amelynek hangját csak kivételes alkalmakkor és nagy egyházi ünnepeken hallhatják a bécsiek. A család fekete-sárga sávos, címeres zászlójával letakart koporsót ezután ünnepélyes menetben vitték Bécs történelmi belvárosán át a dómtól a Kapucinus templomig. Több száz díszruhás, illetve történelmi egyenruhát viselő taggal képviseltették magukat lovagrendek és az egykori Osztrák-Magyar Monarchia területéről érkezett hagyományőrző egyesületek.
Ahogy 1989-ben Habsburg Ottó anyja, Zita királyné temetésekor, ezúttal is a gyászszertartások része volt az úgynevezett „kopogtatási ceremónia”. Először az elhunyt egykori trónörökösi címeit, majd politikai tisztségeit sorolták fel, s a szerzetesek mindkétszer azt felelték belülről: „nem ismerjük őt”. Csak a harmadik kopogtatás után nyitották ki a kaput, amikor a „Ki kér bebocsátást?” kérdésre azt a választ kapták: „Ottó, egy halandó, bűnös ember”.
Habsburg Ottó koporsójával együtt Ausztriába szállították és szintén a kapucinusok kriptájában helyezték örök nyugalomra tavaly elhunyt felesége, Regina földi maradványait is. A kripta a XVII. század óta a Habsburgok fő temetkezési helye.
Az utolsó magyar király, IV. Károly legidősebb fia 98 évesen hunyt el a németországi Pöckingben. Habsburg Ottó szívét kívánsága szerint külön urnában, a Pannonhalmai Bencés Főapátságban helyezik végső nyugalomra.