A 29 éves spanyol kerékpározó szervezetében a 2010-es Tour de France során találtak klenbuterol nyomaira. Contador végig ártatlannak vallotta magát, elmondása szerint fertőzött hús miatt akadt fenn a vizsgálaton. Versenyzői engedélyét felfüggesztették, majd hazája szövetsége felmentette. Az ítélet ellen a nemzetközi szövetség (UCI) és a Nemzetközi Doppingellenes Ügynökség (WADA) is fellebbezett a CAS-nál, amely a novemberi meghallgatás után 2012. február 6-án hirdetett ítéletet az ügyben.
Contador augusztus 5-től versenyezhet ismét, azaz az idei Tour de France-on és a londoni olimpián nem állhat rajthoz. A Tourt 2007-ben, 2009-ben és 2010-ben, a Giro d'Italiát 2008-ban és 2011-ben, a Vuelta a Espanát 2008-ban nyerte meg – ezek közül 2010-es és 2011-es győzelmeit a mostani ítélettel megsemmisítették. A 2010-es Tour de France új győztese a luxemburgi Andy Schleck, a 2011-es Giro új bajnoka pedig az olasz Michele Scarponi.
„Megint a kerékpár húzta a rövidebbet. Elegem van ebből. Az ítélet túlzó, kedvezőtlen mindenkinek, a kerékpársport megítélésének, a támogatóknak – reagált a döntésre az ötszörös Tour de France-győztes (1969, 1970, 1971, 1972, 1974), Kannibálnak becézett Eddy Merckx – Olyan ez, mintha valaki el akarná pusztítani a kerékpársportot. Két évig tartott, míg meghozták az ítéletet. Ez így nem megy.”