Miután a kommandósok behatoltak a lakásba, Mohamed Merah a fürdőszobába zárkózott be, majd kalasnyikovval lépett elő és kezdett lőni a kommandósokra. Rendőrségi források szerint Mohamed Merah ellenállt, fegyverrel a kézben halt meg, miután kiugrott az ablakon. Holttestét a földön találták meg. A tűzharcban három rendőr is megsérült.
A belügyminiszter elmondta: a gyanúsított először azt mondta, hogy 22:45-kor megadja magát, majd azt közölte, hogy mégsem, és hogy meg fogja ölni a rendőröket, ha megpróbálják elfogni. A kommandós akció megindításáról csütörtök reggel született meg a politikai döntés. A francia kormánynak eredetileg az volt a szándéka, hogy élve fogják el a hét ember meggyilkolásával gyanúsított 24 éves férfit. A rendőrség több száz, erősen felfegyverzett tagja 32 órán át tartotta körülzárva a négyemeletes társasházat a délnyugat-franciaországi városban. A hatóságok szerda este az egész városrészben lekapcsolták az áram-, gáz- és vízszolgáltatást, hogy így fárasszák ki és kényszerítsék megadásra a merénylőt. Március 11-én és 15-én a francia hadsereg három katonáját lőtték le Toulouse-ban és a közeli Montaubanban, négy nappal később pedig két óvodás és egy kisiskolás gyereket és egy fiatal rabbit egy toulouse-i zsidó iskolánál. A magát az al Kaida terrorszervezet tagjának mondó, radikális iszlamista nézeteket valló Mohammed Merah a kommandósokkal folytatott tárgyalásai során mind a három merénylet elkövetését magára vállalta, s azt állította, hogy egyedül cselekedett.
A történtek után a francia államfő bejelentette, hogy büntetőjogi intézkedésekkel kívánja felvenni a harcot a szélsőséges ideológiákhoz kapcsolható propaganda ellen, legyen szó az internetről, a börtönökről vagy olyan külföldi utakról, például Pakisztánba vagy Afganisztánba, amelyeken fiatalokat toboroznak iszlamista harcokra. Nicolas Sarkozy erről a Toulouse-ban és Montaubanban hét embert megölt, magát az al-Kaida terrorszervezet tagjának valló merénylő halálát követően a francia televíziókban csütörtökön közvetített rövid beszédében szólt. „Ezentúl minden olyan személy, aki a terrorizmus dicséretét hirdető vagy erőszakra buzdító internetes oldalt olvas, büntethető lesz. Minden olyan személy, aki azért utazik külföldre, hogy a terrorizmushoz vezető ideológiai kiképzésen vegyen részt, büntethető lesz” — hangsúlyozta az elnök. Hozzátette: „Francois Fillon (miniszterelnökkel) felkértem a igazságügyi minisztert, hogy készítsen tanulmányt ezen ideológiáknak a börtönökben folyó terjesztéséről”. „A szélsőséges ideológiák dicsérete és terjesztése a büntetőtörvénykönyvben szabálysértésként fog szerepelni olyan eszközökkel, amelyek a terrorizmus elleni harcban már rendelkezésre állnak” — fejtette ki Sarkozy, akinek ötéves mandátuma az egy hónap múlva esedékes elnökválasztással véget ér. Ezen a konzervatív köztársasági elnök jelölteti magát, így az ígéreteket újraválasztása esetén tudja megvalósítani.