A II. világháborút követően Márton Áron több alkalommal nyilvánosan is állást foglalt Erdély Magyarországhoz tartozása mellett. Miután 1948-ban a román kormány egyoldalúan felmondta a Szentszékkel kötött szerződést, a püspöki kar nevében tiltakozó levelet fogalmazott meg a miniszterelnökhöz, és határozottan állást foglalt az egyházi iskolák államosításával szemben is. Amikor 1949. május 15-én megkezdte öthetes Csík megyei bérmaútját, személye már évek óta a hatalom célkeresztjében állt.
A falvakban a székelyek testükkel védték püspöküket,
szabályos őrséget alakítottak, faluról falura kísérték, így akadályozva meg, hogy a Securitate emberei a közelébe férkőzzenek. A következő hónapban a katolikus főpásztort Bukarestbe hívatták a kultuszminiszterhez, s útja végzetesnek bizonyult: Tövis felé menet csellel letartóztatták.
Már két éve raboskodott, amikor összeesküvés bűntettéért 10 év fegyházra és 5 év közügyektől való eltiltásra, hazaárulásért életfogytiglani kényszermunkára, valamint 25 év kényszermunkára és 10 év közügyektől való eltiltásra ítélték. Előbb Nagyenyeden, majd pedig a máramarosszigeti börtönben raboskodott. 1955-ben – immáron Bukarestben – felfüggesztették a börtönbüntetését, és visszatérhetett Gyulafehérvárra. 1957-ben aztán házi őrizetbe helyezték, amely többszöri meghosszabbítást követően végül tíz éven át tartott. Amikor Márton 1971 őszén Rómába látogatott, VI. Pál pápa magánkihallgatáson fogadta, amelynek végén az egyházfő így szólt a püspökükre várakozó erdélyiekhez: „Engedelmeskedjetek püspökötöknek, mert szent.” Márton ekkor már másodjára kérte felmentését, amit még négy alkalom követett: a Szentszék egyik esetben sem fogadta el a lemondását.
Betegsége azonban egyre inkább elhatalmasodott rajta.