A második bécsi döntést követően a püspök egyházmegyéjének nagyobbik része visszakerült az anyaországhoz, ő azonban Gyulafehérváron maradt, így is osztozva a román fennhatóság alatt maradt Dél-Erdély kisebbségi magyarságának sorsában. A nehézségek, nélkülözés és szenvedés ellenére helytállásra buzdította híveit, miközben saját példájával is igyekezett erőt adni nekik. Amikor 1944 májusában Észak-Erdélyben is megkezdődött a zsidó lakosság deportálása, a püspök felemelte szavát az üldöztetést szenvedők érdekében.
Május 18-án a kolozsvári Szent Mihály-templomban így figyelmeztette frissen felszentelt papjait: „…amikor a vihar ítéletes zúgásában népek reszketnek jövő sorsuk miatt, akkor Krisztus papjának elutasíthatatlan kötelessége, hogy az igazság mellett kiálljon, és az emberben – bármilyen hitet valljon és nyelvet beszéljen is – a testvérét nézze.” Éles hangú levélben tiltakozott a magyar hatóságoknál a deportálások miatt: „…emberi, keresztény és magyar kötelességemnek tartom, hogy visszaindulásom előtt az illetékes hatósági tényezőket szeretettel és Isten nevében kérjem, hogy az embertelenséget akadályozzák meg, vagy ha erre nem képesek, ne működjenek több ezer ember elpusztítására irányuló cselekményben közre.” A levél nyilvánosságra hozatala után Kolozsvár rendőrkapitánya kiutasította a püspököt a városból.
A II. világháborút követően Márton Áron több alkalommal nyilvánosan is állást foglalt Erdély Magyarországhoz tartozása mellett. Miután 1948-ban a román kormány egyoldalúan felmondta a Szentszékkel kötött szerződést, a püspöki kar nevében tiltakozó levelet fogalmazott meg a miniszterelnökhöz, és határozottan állást foglalt az egyházi iskolák államosításával szemben is. Amikor 1949. május 15-én megkezdte öthetes Csík megyei bérmaútját, személye már évek óta a hatalom célkeresztjében állt.