Szigorú megtorlás következett. Zrínyi Pétert és Frangepán Ferencet Bécsújhelyen, Nádasdy Ferencet Bécsben, Bónis Ferencet Pozsonyban, Hans Erasmus von Tattenbanch grófot, stájer főurat Grazban fejezték le. Wesselényi, Lippay és Vitnyédi István ekkor már nem éltek. Wesselényi Ferencné Széchy Mária, a „murányi Vénusz”, aki kora egyik női botrányhőse volt (egyebek között, mert férfi módra ülte meg a lovat) szintén börtönbe került rövid időre.
Rákóczi életét anyja 400 ezer forint váltságdíjjal mentette meg.
Bevezették az abszolutizmust, a végvári katonaságot szélnek eresztették, az adókat fölemelték, megindították az erőszakos ellenreformációt, és az ország élére gubernátort, azaz kormányzót neveztek ki, Johann Caspar von Ampringen személyében. A fiatal Thököly Imre kicsúszott a császáriak hálójából, és nemsokára sok fejfájást okozott a Habsburg-kormányzatnak. 1677 végén került a bujdosók élére, miután azok fővezére, Teleki Mihály erdélyi főkancellár hadvezérként leszerepelt.
Rákóczi Ferenc, miután megégette magát, igyekezett bizonyítani császárhűségét, ami nem ment könnyen: szíve inkább a bujdosókhoz csúszott. Helyzetét megnehezítette, hogy maga is két tűz között volt. Anyja és felesége politikai vitái megkeserítették a családi életet. Ilona asszony hiába próbált közbenjárni anyósánál a protestáns jobbágyaik és prédikátorok érdekében. A vallási gyűlölet kölcsönös atrocitásokba torkollott.
A bécsi kormányzat protestáns lelkipásztorokat, prédikátorokat, iskolamestereket hurcolt gályára, cserében a református bujdosók, szélnek eresztett végvári vitézek, kardforgatáshoz értő kisnemesek és hajdúk (akiket összességében kurucnak kezdtek hívni egy, a Dózsa-féle keresztes mozgalomra utaló névvel) több helyen megölték a katolikus papokat. A közbiztonság a császári zsoldosok és hivatalnokok számára veszélyessé vált.
Az ország térképén lassan kuruc foltok alakultak ki,
majd e foltok Északkelet-Magyarországon összeálltak egy egész területté. Egyre-másra bukkantak föl a kurucok nevei a semmiből.
Bécsben értetlenül kérdezték: Thököly? Faygel? Géczy? Absolon? Görgey? Kik ezek az emberek? Lipót császár értetlenül állt a kérdés előtt, mi a baja a magyar alattvalóinak – hiszen olyan jóságos volt, hogy kétszáz misét tartatott a kivégzett összeesküvők lelki üdvéért, s még jobb kezük levágására sem ítélte őket! Mindenesetre a megfélemlített Rákóczi és bigottan ellenreformáció-párti anyja miatt nyugton aludhatott.