Szerinte „a kormány oktatás politikájának semmi köze az oktatáshoz, hanem csak hatalompolitika”, ezért az ellenzéknek vitázni sem érdemes róla.
Magyar Bálint azt is hozzátette, emiatt a tanárok „nem úszhatják meg” a politizálást. A politikus arról is beszélt, hogy szerinte „Magyarország egy patronális autokrácia, ahol egy bűnszervezetbe áll össze a hatalom”.
Magyar Bálint minisztersége idején többször is botrány kísérte az érettségik lebonyolítását. 1998-ban az egyik kereskedelmi rádió a Radio1 nem sokkal a matematikaérettségi tételek kihirdetése után beolvasta azok megoldásait. Ezzel pedig a rádió akár befolyásolhatta is a diákok eredményeit, ennek ellenére nem ismételték meg a vizsgát. 2003-ban egy miskolci iskola egy héttel a hivatalos időpont előtt íratta meg a német-, és a francia érettségit. Emiatt végül kilencezer diáknak kellett újra vizsgáznia ebből a két tárgyból. Magyar Bálint legnagyobb botránya minden bizonnyal az a 2005-ös eset, amikor a vizsgák előtt felkerültek az internetre a magyar-, a történelem- és a matematikaérettségi feladatok. Ez majdnem Magyar Bálint miniszteri székébe került. Végül a matematikából újra kellett írniuk a tanulóknak a tesztet, történelemből pedig összeállítottak egy új tételsort.