Vannak különleges esetek, amikor meghatározott időtartamra szóló feltételes engedély is kiadható. Ilyenkor a benyújtó (jelen esetben például a vakcinafejlesztő) köteles a még hiányzó adatokat megfelelő minőségben és mennyiségben, megadott időn belül előállítani, összegyűjteni és értékelésre benyújtani az EMA-hoz. Ilyen különleges eset, ha nincs még megfelelő terápia vagy vakcina egy betegségre, tehát a covid-járvány is ez a kategória. Ám
feltételes engedély is csak akkor adható ki, ha a beteg biztonsága nagymértékben szavatolható,
azaz, ha a várható kedvező hatás – esetünkben a covid-19 fertőzés megelőzése – meghaladja a kockázatokat, de például a helyzetből adódóan a törvényben előírt hosszú utánkövetési adatok még nem állnak objektíve rendelkezésre. Ez érthető, hiszen még nem telt el megfelelően hosszú idő a vakcina alkalmazása óta, ami során a jogszabályban előírt adatok összegyűlhetnek, például a hosszú távú hatásosságról, vagy a mellékhatásokról. Egyébként minden esetben meghaladja a várható pozitív hatás a kockázatot, amikor a CHMP feltételes engedély kiadását javasolja az Európai Bizottságnak olyan helyzetekben, amikor nem áll rendelkezésre más terápiás lehetőség.
Az EMA a covid-járvány miatt speciális, úgynevezett pandémiás akciócsoportot állított fel a szakértői adatbázisában szereplő szakemberek bevonásával, akik gyakori telefonkonferenciákon egyeztetnek, rövid határidőkkel. Az ő feladatuk a covid-19 vakcináival, gyógyszereivel kapcsolatos speciális fejlesztési és engedélyeztetési kérdések megvitatása, a minél gyorsabb eredmény elérése érdekében. Ezeken a konferenciákon
minden résztvevőnek igazolnia kell pártatlanságát,