Az első párbajt 1860-ban vívta, méghozzá a márciusi ifjak egyikével, a már említett Bulyovszky Gyulával. Történt, hogy a Jókai szerkesztette Üstökös című élclapban egy gúnyos megjegyzés jelent meg Bulyovszky felesége, a színésznő Bulyovszky Lilla származásáról. A cikk miatt ment kardpárbajra a férj és Jókai Mór (bár a cikket nem ő írta), ám végül egyikük sem szenvedett komoly sérülést. A másik párbajt Pulszky Ferenccel, a Magyar Nemzeti Múzeum későbbi igazgatójával vívta 1869-ben. Ugyan nem neki kellett volna kiállnia, de mivel a sértő sorokat a Jókai szerkesztette A Honban író Csernátony Lajost nem találták „párbajképesnek”, ezért Jókai mint a lap szerkesztője lépett a helyére.
Harminc méterről vívták a pisztolypárbajt, ám Pulszky fegyvere egymás után háromszor nem sült el. Jókai észlelte a történeteket, és bár lőhetett volna, nem tette meg: „fegyvertelen ellenfélre nem lövök”
– mondta, és leeresztette a pisztolyát. A párbaj során senki sem sérült meg, de következménye azért lett: Csernátony Lajos, aki az ominózus cikket írta, kilépett A Hon szerkesztőségéből. A lapok szerint a következőt jelentette ki: „Ha Jókainak felelősséget kell vállalnia az én cikkeimért: én nem vállalhatok felelősséget az ő életéért.”
A párbajozás ellen sokan felemelték a hangjukat, a Jogtudományi Közlöny például éles kritikát fogalmazott meg azzal kapcsolatban, hogy ismert közéleti személyiségek és politikusok is párbajoznak:
„Mit mondjon akkor a műveletlen nép, ha ilyen köztiszteletben álló férfiak is megtudnak arról feledkezni, hogy a párviadal kárhoztatva van minden civilizált jogállamban?”