Egyetemi tanulmányait Budapesten, majd állami ösztöndíjjal Berlinben és Lipcsében végezte, ezután Leidenben és Bécsben tanulmányozott keleti kéziratokat. Huszonhárom évesen állami ösztöndíjjal Szíriában, Palesztinában és Egyiptomban folytatott kutatásokat, néhány hónapig az iszlám egyik legfontosabb tudományos központjának számító kairói al-Azhar mecsetben is tanult. Fiatal kora dacára már ekkor a legnagyobb tudományos tekintélyek között emlegették, az egész világ orientalistái ismerték a nevét, de idehaza zsidó származása miatt nem kapta meg az egyetemi katedrát. A világhírű tudós kénytelen volt hivatalnokként dolgozni, 1876-től harminc éven át a budapesti izraelita hitközségnél volt titkár. Elsősorban az iskolaügyek terén tevékenykedett, az Országos Rabbiképző Intézetnek 1900-ban lett óraadó tanára.
Száz év a megjelenésig
Goldziher tanulmányozta az arab és a héber kultúrát, az iszlám társadalomtörténetet és vallásfilozófiát, kiválóan ismerte a Bibliát, a Koránt, a középkori zsidó irodalmat, a görög bölcseletet. Fő kutatási területe a sémi filológia és irodalomtörténet, valamint a mohamedán vallás története volt, munkássága az iszlám kultúrtörténet csaknem minden területére kiterjedt. Elsőként vizsgálta e világvallás kialakulását történeti fejlődésében, őt tekinthetjük a modern kritikai iszlámkutatás egyik megalapozójának. Ő végezte el a Nemzeti Múzeum Gyűjteményében levő keleti - héber, török, arab, perzsa - nyelvű kéziratok meghatározását és rendezését. Több évtizedes tudományos munkássága könyvtárnyi terjedelmű, életművének 1927. évi bibliográfiai összegzése 580 kötetet és tanulmányt sorol fel. Megírta többek között a Sía irodalom történetét (1877), 1884-ben jelent meg A mohamedán jogtudomány eredetéről című kötete, 1899-ben adták ki Leidenben, német nyelven korszakosnak számító Az iszlám című munkáját.