Parlamenti képviselőként kérlelhetetlen háborúellenes nézeteket képviselt az 1991-ben kitörő délszláv háborúban, amely végül Jugoszlávia széteséséhez vezetett. Részt vett több tiltakozó megmozduláson, és mindinkább a délvidéki magyarság egyik jelképévé vált, hiszen a magyarok nem érezték magukénak a konfliktust, sokan elmenekültek közülük a kegyetlen harcok és a katonai szolgálat elől. 1992 májusában Oromhegyesen például 200 magyar szegült ellen a behívóparancsnak, mire Slobodan Milošević szerb elnök tankokkal körülzáratta a települést.
A feszült helyzet azután oldódott meg, hogy magyar kisebbségi képviselők egy csoportja felkereste Miloševićet, s Csubela addig verte az asztalt, amíg az államfő vissza nem vonta a harckocsikat.
Német Klaudió szerint ez
a megalkuvás nélküli magyar érdekképviselet volt a legnagyobb erénye.
A politikus 1994-ben alapító elnöke lett a Vajdasági Magyar Szövetségnek, és a magyar autonómiatörekvések következetes szószólója volt. A történész szerző meglátása alapján minden kisebbségi magyar politikusnak követendő példa lehet Csubela Ferenc folytonos tenni akarása és azon, államférfiakat idéző jellemvonása, hogy „nem nézte ölbe tett kézzel az igazságtalanságot, hanem aktívan felszólalt és tett ellene”.