Nem sokkal később bejelentették, hogy Mueller azt is vizsgálja a feltételezett orosz befolyással összefüggésben, hogy személyesen az elnök, Donald Trump nem akadályozta-e az igazságszolgáltatást. Aztán nyomozott Paul Manafort, Trump egyik kampányfőnöke és helyettese, Rick Gates ellen, 12 vádpont alapján, amelyek közt szerepelt a pénzmosás és az Egyesült Államok elleni összeesküvés is. Manafortot végül elítélték adócsalásért és egyéb olyan ügyekért, aminek nincs köze az oroszokhoz, és a kampány előtt estek meg; Gates ügyét folyamatosan halasztgatják. Michael Flynn, aki kemény egy hónapig volt Donald Trump nemzetbiztonsági tanácsadója 2017 elején, hamis tanúzásért találtatott bűnösnek, minthogy nem mondott igazat a volt orosz nagykövettel való kapcsolatáról.
Mueller 13 oroszt és három orosz céget vádolt meg azzal, hogy orosz propaganda segítségével próbáltak beavatkozni a 2016-os elnökválasztásokba. Az ügyész úgyszintén vizsgálta a Trump-kampány esetleges kínai, katar, török és izraeli kapcsolatait.