2013. július 1-jétől, a Rendszerváltás Történetét Kutató Intézet és Archívum megalakulásától kezdve tudományos főigazgató-helyettes, 2021-től tudományos igazgató, majd 2022-től a Retörki tudományos tanácsának elnöke volt. A Közép- és Kelet-európai Történelem és Társadalom Kutatásáért Közalapítvány felügyelőbizottságának tagja, a Szabadságharcosokért Közalapítvány felügyelőbizottsági elnöke, majd 2021-től a Nemzeti Emlékhely és Kegyeleti Bizottság tagja volt.
2000-ben a Magyar Érdemrend Tisztikereszt (Polgári Tagozat) kitüntetéssel, 2013-ban a Magyar Érdemrend Középkereszt (Polgári Tagozat) kitüntetéssel, 2022-ben pedig Széchenyi-díjjal ismerték el kiemelkedő tudományos munkásságát, sokrétű életművét. M. Kiss Sándor több mint fél évszázados munkássága során tudományos és ismeretterjesztő írásai és előadásai mellett tanárként egyetemi hallgatók százainak pályáját egyengette.