Az intézetet Szalai Zoltán, a Mathias Corvinus Collegium főigazgatója, a Mandiner lapigazgatója alapította. Az intézet főigazgatója Hahner Péter történész, a Pécsi Tudományegyetem habilitált egyetemi docense, volt tanszékvezető, több sikerkönyv szerzője lesz, a munka stratégiai irányításában pedig társelnökeként Rácz Árpád, a Rubicon folyóirat főszerkesztője vállal vezető szerepet.
Mint azt Szalai Zoltán elmondta: a Rubicon Intézet hangsúlyozottan nem az akadémia feladatait kívánja átvenni, és nem is a történetkutató központok számát akarja gyarapítani, hanem sajátos küldetést vállal fel: feltárni és bemutatni jelen társadalmunk számára, hogy mi az, ami jól működött a múltban, és min kell javítani az elmúlt két évszázad történelmi tanulságai alapján. Munkásságával az intézmény hozzá kíván járulni ahhoz, hogy a következő évszázad magyarsága sikeresebben tudja életét, társadalmát és történelmét alakítani.
Az Intézet példaképének tekinti Magyarország talán legjobb ismeretterjesztő folyóiratát, a Rubicont,