A NAIH az egyház elektronikus úton kezelt nyilvántartásait, és a szolgáltatásai kapcsán kezelt különböző típusú dossziékat vizsgálta. Ezek között voltak az úgynevezett „Levelező dossziék”, melyekben a hívőkkel való levelezéseket tárolják, a csak a lelkészek és az esetfelügyelők által hozzáférhető „PC dossziék”, melyekben a hívők saját életéről szóló információkat rögzítik, valamint „Etikai dossziék”, melyek a hívők olyan tetteiről szólnak, mely nem etikus vagy nem összeegyeztethető az egyház etikai kódexével. Az úgynevezett „Munkatársi dossziékkal” kapcsolatban a hatóság azt állapította meg, hogy a munkatársaknak nagy mennyiségű személyes adatot kell megosztaniuk magukról.
A szervezet (amely 2011-ben elvesztette egyházi státuszát) szerint azonban semmilyen adatkezelési tevékenységet nem végeznek, ezért kérték velük szembeni eljárás megszüntetését. Annak a véleményüknek is hangot adtak, hogy a NAIH több eljárási cselekménye és a részükre küldött megkeresések megfogalmazása arra utal, hogy a hatóság elnöke elfogult.
Maximális büntetés
A NAIH 2017 őszén hozott határozatában végül azt állapította meg, hogy a szcientológusok jogellenes adatkezelési tevékenységet folytatnak, mert az előzetes tájékoztatási kötelezettségüket, a célhoz kötött adatkezelés elvét, a tisztességes adatkezelés elvét, az adatbiztonság követelményeit is megszegték és jogalap nélküli adatkezelést is végeznek. Több esetben előfordult, hogy az egyes dokumentumokban harmadik személyek különleges adatát kezelte az egyház, amelyet a NAIH kiemelkedő súlyú jogsértésként értékelt.
Mindezekért hatóság a Magyarországi Szcientológia Egyházat, valamint a Szcientológia Egyház Központi Szervezetét is 20-20 millió forint bírsággal sújtotta.