Négy évre ítélte hivatali befolyással üzérkedés miatt a Zrínyi Miklós Nemzetvédelmi Egyetem volt rektorát a Fővárosi Ítélőtábla, helybenhagyva az elsőfokú ítéletet. Szabó egyik társa két évet, míg a másik két és fél évet kapott.
Szabó János két társával együtt 2009-ben valótlan állításokkal vezette félre az egyik nemzetközi szállítmányozási cég vezetőit azért, hogy a vállalat egy általuk favorizált kft.-vel szerződjön biztonsági feladatokra. Azt állították, a céget a titkosszolgálatok megfigyelik, a rektor pedig azt ígérte, kapcsolatai révén el tudja érni, hogy az ügy ne kerüljön nyilvánosságra. Szabó az utolsó jogán is tagadta a vádat. „Demokrataként akkor is kötelességemnek éreztem részt venni ebben a feladatban, ha nekem ezúttal a szenvedő szerep jutott, mert tudom, hogy az ilyen tapasztalatokhoz nem vezet királyi út” – fogalmazott.
A bíróság szerint a négy év szabadságvesztés arányos büntetés, Szabó János az egész ország tekintélyének ártott. „Felmentésre készültem, megmondom őszintén, mert meg vagyok győződve róla, hogy ártatlan vagyok az ügyben. Hogy az elsőfok látszatainak a másodfok is helyt adott, erre nem gondoltam. Ez van” – mondta a volt rektor a Hír TV-nek.