A köznevelési intézményi jogviszonnyal összefüggő másik alapvető probléma, hogy a gyermekek, tanulók rögzítése, az oktatási azonosító igénylése, megléte nem felel meg a jogszabályi előírásnak. Gondot jelentett, hogy az igénybevett költségvetési támogatás felhasználását nem alapozza meg koherensen a fenntartónál, illetve az intézményben vezetett pénzügyi, tanügyigazgatási és egyéb nyilvántartás. A fenntartók előszeretettel hivatkoznak „adminisztratív” hibára.
A hatósági ellenőrzések tapasztalatai szerint több alapítványi iskolában a tanügyi nyilvántartások hiányosak voltak, illetve vezetésük nem felelt meg a jogszabályi követelményeknek, a foglalkoztatottak végzettsége, szakképzettsége nem felelt meg az általuk betöltött munkakör követelményeinek és a törvényi előírásoknak sem, az intézményvezető nem győződött meg hitelt érdemlően a pedagógusok büntetlen előéletéről – sorolta. Az MTI-hez eljuttatott háttéranyag szerint a NAV-nál költségvetési csalás bűntettének gyanúja miatt több eljárás is folyamatban van, így például a szegedi Esély a Hátrányos Helyzetűeknek Közhasznú Alapítvány, a fővárosi Drégelyvár Oktatási Központ Alapítvány, vagy a győri Keresztény Család Gyülekezet Vallási Egyesülete esetében.
Ugyanakkor idén öt évig húzódó eljárást követően a fővárosi Paulay Alapítvánnyal (Budapest) szemben jogerősen pert nyert az Emmi. Az alapítványi fenntartású intézmény (Angol-Magyar Képző és Továbbképző Központ Két Tanítási Nyelvű Idegenforgalmi és Nemzetközi Vendéglátó Szakképző Iskola és Gimnázium) nem vezette a jogszabályban előírt papíralapú nyilvántartásokat, kizárólag számítógépes (elektronikus) nyilvántartásokkal kívánta igazolni az érvényes tanuló jogviszonyok létrejöttét, fennállását. A Kúria ítéletével helybenhagyta a kincstár elsőfokú határozatát helybenhagyó másodfokú minisztériumi döntést. Az ítélet precedensértékű – olvasható a háttéranyagban.