úgy vélte, a háború nem szolgálja a magyar érdekeket,
aminek több ízben hangot is adott. Egyszer fejéhez vágták, hogy magyar tiszt így nem nyilvánulhat meg, mire azzal felelt: „Én magyar vagyok, azért beszélek így. Semmi közünk ehhez a háborúhoz”.
Cselekedetei ezen hozzáállást tükrözik. 1939-ben, Lengyelország német és szovjet lerohanása után részt vett a lengyel menekültek támogatásában, de barátai, erdélyi ismerősei is mindig számíthattak a segítségére.
Egyik barátja, Farkas András szerint 1942 telén, az újvidéki razzia idején a helyszínre utazott, hogy Farkas családján és más fogvatartottakon segítsen: „Kérésemre Gidófalvy velem jött, és az ott lakó leányomon kívül másokat is kimentett.” Ugyanebben az évben hadbíróság elé állították, mert összeköttetéseit felhasználva közbenjárt egy hontalannak nyilvánított marosvásárhelyi zsidó órásmester állampolgársági ügyében. Egy hónapos házi fogság után „bűncselekményét” meggondolatlanságból elkövetett tettnek minősítették.
1944 őszén az angyalföldi leventekörzet parancsnokaként megbízták a XIII. kerületi nemzetőregység megalakításával. Mivel a nemzetőrséget a nyilas hatalom megbízhatatlannak tartotta, november elején átszervezésükkel létrehozták a honvéd kisegítő karhatalmi alakulatokat (KISKA). Az így felállított XIII/1. KISKA-zászlóalj vezetője azonban Gidófalvy Lajos maradt, aki titokban éppen ellentétes célok megvalósítására készült. Az alakulat központja a Vilmos főherceg laktanyában volt.